生物工程学院是江西农业工程职业学院下属的二级学院，办学开始至2003年名为农艺专业科；2004-2008年更名为生物应用系；2009-2018年更名为生命科学系；2018年-至今名为生物工程学院。

生物工程学院现有专兼职教师51人，其中高级职称15人，国家级名课名师1人，省级学科带头人1人，省级教学名师1人，省高校中青年骨干教师2人，双师型教师占比72%。生物工程学院现开设有现代农业技术、植物保护与检疫技术、园艺技术、园林工程技术、园林技术、种子生产与管理6个专业。以服务国家乡村振兴战略为己任，秉承学校80余年农业职业教育办学积淀，致力于为国家培养复合型乡村振兴“新农人”。积极响应国家新质生产力发展需求，旨在培养思想政治坚定、德技并修、德智体美劳全面发展，内涵良好的职业素养、人文素养和信息素养，具备服务现代农业产业发展、服务和美乡村建设、服务农业生态文明建设、服务区域特色农业发展等能力，辐射江西省及周边现代农业企业，县、乡、镇基层农业技术服务领域的“爱农业、懂技术、善经营、会管理、能创业”的复合型技术技能人才。